Pelestarian Lingkungan Jadi Isu Utama, Dosen IPB University Beberkan Peran Ilmu Bioinformatika

TRIBUNNEWSBOGOR.COM -- Peran ilmu bioinformatika memiliki keterkaitan erat dengan pelestarian lingkungan.

Data genetik digunakan sebagai sumber inspirasi terciptanya inovasi dan hasil riset yang bermanfaat bagi lingkungan.

Kekayaan biodiversitas bangsa Indonesia adalah salah satu yang terbesar di dunia dan harus tetap dipertahankan.

Ilmu bioinformatika yang berawal dari inovasi sekuensing genom awal tahun 2000-an, telah memicu pertumbuhan riset genomik, khususnya genomik konservasi.

Dr Wisnu Ananta Kusuma, Dosen IPB University dari Departemen Ilmu Komputer Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam menjelaskan, analisa bioinformatika banyak menggunakan data genomik yang kemudian dianalisis di laboratorium basah menggunakan DNA sequencer.

Menurutnya, teknologi omics yang merupakan analisa bioinformatika tingkat lanjut, sering digunakan untuk menganalisis keterkaitan fenotipe.

Contohnya menggunakan SNP (Single Nucleotide Polymorphism) untuk menganalisis variasi genom dengan genome wide associations study (GWAS).

Ia menjelaskan bahwa para peneliti dapat melakukan analisa asosiasi genotipe dan fenotipe yang berguna bagi perbanyakan tanaman berbasis genomik.

“Analisa ini sangat berguna untuk mencari varietas unggul yang resisten terhadap cekaman dan penyakit. Bisa menggunakan machine learning maupun data statistik,” ujarnya dalam Seminar Nasional Fakultas Sains dan Teknologi UIN Sumatera Utara Medan Tahun 2022 dengan tajuk “Peran Sains dan Teknologi dalam Mendukung Program Sustainable Development Goals (SDGs) Bagi Pengelolaan dan Pelestarian Lingkungan,  (8/11/2022) lalu.

“Dalam melakukan analisa genomic ini, dapat pula ditambahkan informasi transkriptomik maupun metabolomik kemudian mengintegrasikannya dengan membuat model jejaring. Ini seperti yang digunakan pada sosial media,” lanjutnya.

Dalam analisa ini, tambahnya, peneliti harus memahami problem epistasis untuk mengetahui efek SNP terhadap fenotipe.

Dikarenakan, analisa ini tidak hanya dipengaruhi oleh satu SNP tapi berbagai bentuk SNP lainnya.

“Hal ini berimplikasi pada ruang pencarian yang sangat besar dan kompleksitas tinggi, sehingga harus melakukan penyaringan dan eliminasi terhadap data yang didapatkan,” kata Dr Wisnu.

Ia menambahkan, efek keterkaitan antara SNP ini bisa dilihat dari kejadian perkawinan sekerabat yang berisiko terekspresi menjadi mutasi berbahaya.

Studi kasusnya terjadi pada translokasi Singa Afrika.