Baca tanpa iklan
Sebelumnya, ia juga pernah menuai kontroversi pada tahun 2003.
Sekelompok ulama Islam Indonesia dari Forum Ulama Umat Islam mengeluarkan fatwa kematian terhadap Ulil untuk sebuah artikel yang ditulis Ulil Abshar Abdalla disebuah harian tahun 2002, "Menyegarkan Kembali Pemahaman Islam" (Menyegarkan Pemahaman Islam) yang dianggap sesat oleh para ulama.
Pada bulan Maret 2011, sebuah bom surat yang ditujukan kepada Ulil Abshar Abdalla di Komunitas Utan Kayu meledak, melukai seorang polisi.
Ulil Abshar Abdalla juga membela hak orang-orang Ahmadi, yang merupakan sikap yang tidak biasa dalam Islam konservatif.
Dia juga menentang banyak fatwa oleh Majelis Ulama Indonesia, seperti yang melarang memberikan salam Natal kepada orang-orang Kristen.
Ulil Abshar Abdalla pernah menjadi Ketua Lakpesdam (Lembaga Kajian dan Pengembangan Sumber Daya Manusia) Nahdlatul Ulama, Jakarta, sekaligus juga menjadi staf peneliti di Institut Studi Arus Informasi (ISAI), Jakarta, serta Direktur Program Indonesian Conference on Religion and Peace (ICRP).(*)