Bersama aktivis lainnya, Munir melakukan advokasi dan investigasi terhadap kasus pembunuhan aktivis buruh Marsinah yang diduga dilakukan aparat militer.
Munir ditunjuk menjadi salah seorang pengacara untuk kasus Marsinah.
Kasus Penculikan 1997-1998
Dalam kasus penculikan yang terjadi pada 1997-1998, ada 24 orang yang menjadi korban dalam peristiwa itu.
Sebanyak 13 orang hingga kini masih hilang.
Di tengah kerumitan kasus penculikan itu, Munir hadir bersama Komisi untuk Orang Hilang dan Korban Tindak Kekerasan (Kontras) dan tampil di depan publik untuk menyuarakan pengungkapan kasus itu.
Ia secara tegas mendesak agar negara bertanggung jawab atas peristiwa penculikan.
Munir juga menjadi penasihat hukum korban dan keluarga korban penculikan tersebut.
Munir bersama Kontras lantang bersuara sehingga membuat sembilan aktivis dilepaskan.
Kiprahnya dalam mengungkap kasus orang hilang ini menjadi sorotan banyak pihak.
Kasus lainnya
Tiga kasus tersebut hanya sebagian kecil dari lembaran sejarah perjuangan Munir dalam memperjuangkan HAM.
Di luar itu, banyak kasus-kasus pelanggaran HAM yang menjadi perhatian serius Munir.
Kasus-kasus itu di antaranya, tragedi Trisakti, kerusuhan Mei, Semanggi, Talangsari Lampung, Timor Leste, Papua, Aceh, Ambon, dan Poso.
Dalam perjalanannya, Munir kerap mendapatkan intimidasi dan ancaman.