Pelaksanaan perkuliahan menggunakan sistem SKS dibagi kedalam dua unsur yaitu unsur teori dan unsur praktik.
Pelaksanaan kegiatan praktik dilakukan melalui tiga cara, yaitu praktik laboratorium, praktik lapang dan praktik magang kerja.
Ada 4 jurusan dan program studi yang ditawarkan, yakni:
- Jurusan Teknologi Penangkapan Ikan meliputi Program Studi Teknologi Penangkapan Ikan (TPI), dan Program Studi Permesinan Perikanan (MP);
- Jurusan Teknologi Pengolahan Hasil Perikanan meliputi Program Studi Teknologi Pengolahan Hasil Perikanan (TPH);
- Jurusan Teknologi Pengelolaan Sumberdaya Perairan meliputi Program Studi Teknologi Akuakultur (TAK) dan Teknologi Pengelolaan Sumberdaya Perairan (TPS);
- Jurusan Penyuluhan Perikanan meliputi Program Studi Penyuluhan Perikanan (PP).