Pentingnya Bioinformatika dalam Seleksi Genomik Bagi Proses Pemuliaan Tanaman

Kualitas fragmen perlu diketahui sebelum melakukan sequence mapping.

Bila terdapat noise dalam fragmen, dapat dilakukan pembersihan dengan program Trimmomatic.

Proses alignment atau mapping merupakan tahapan yang paling krusial dalam memberikan kesimpulan yang baik dan benar.

“Dikarenakan prosesnya yang rumit, dibutuhkan program algoritma untuk melakukan mapping dan filtering yang lebih efektif. Salah satunya dengan ISNIP (Integrated Single Nucleotide Polymorphisme Pipeline) yang dikembangkan IPB University bekerja sama dengan BB-Biogen. ISNIP dapat diakses di http://isnip.apps.cs.ipb.ac.id,” jelasnya.

Peneliti Trop BRC IPB University ini telah melakukan beberapa penelitian terkait seleksi genomik.

Contohnya dalam mengidentifikasi SNP dan asosiasinya dengan fenotipe.

Yakni dengan membangun algoritma tersendiri. Penelitiannya ini telah dipublikasikan dalam jurnal internasional bereputasi.

“Yang kita lakukan tidak hanya melihat pengaruh SNP dengan fenotipe tetapi juga pengaruh dari efek epistasis bahwa SNPs saling berinteraksi,” tuturnya. 

Menurutnya, penelitian tersebut menggunakan metode machine learning, yaitu Random Forest.

Dilakukan pemeringkatan SNPs untuk mereduksi ruang pencarian serta menggunakan SFFS (Sequential Forward Floating Selection) untuk melakukan seleksi SNP.

Metode yang dikembangkan ini menghasilkan kinerja yang lebih baik dibandingkan dengan metode-metode sebelumnya. (*)